Centro objetivo
En cuanto a los centros objetivo, en la EHU/UPV trabajan 126 investigadores de Ikerbasque. Los 247 restantes trabajan en las universidades y centros de investigación de Deusto y Mondragó, incluidos los nueve centros de investigación de excelencia denominados BERC (Basque Excellence Research Centre) dependientes del Departamento de Educación del Gobierno Vasco.

Aquí está la lista completa de BERC actualmente en vigor:

• Achucarro - Centro Vasco de Neurociencias (Zamudio).
• BCMatrials - Centro Vasco de Materiales, Aplicaciones y Nanoestructuras (Zamudio).
• Polymat - Centro Vasco de Diseño e Ingeniería Macromolecular (Donostia).
• DIPC - Centro Internacional de Física de Donostia (Donostia).
• Centro de Física de Materiales CFM-MPC (Donostia).
• Instituto de Biofísica. Centro Vasco de Biofísica (Leioa).
• BC3 - Centro Vasco del Cambio Climático (Bilbo).
• BCAM - Centro Vasco de Matemática Aplicada (Bilbo).
• BCBL - Centro Vasco de Cognición, Cerebro y Lenguaje (Donostia).

A los nueve centros de excelencia y tres universidades (EHU/UPV, Deustu y Mondragón) que acogen a los investigadores contratados por IKERBASQUE se deben sumar los Centros de Investigación Corporativos (IKZ): biomaGUNE (biomateriales), biogune (biociencias), energiGUNE (energía) , y nanoGUNE (nanociencia), así como los centros de investigación en el ámbito sanitario Biobizkaia y Biogipuzkoa y Azti, Neiker, Tecnalia, Tecnum (Universidad de Navarra), Globernance (centro de investigación y difusión del pensamiento político) e IISL/IISJ. Un total de 25 universidades y centros de investigación del País Vasco se benefician de la atracción de investigadores internacionales.